A Radical Entertainment sr�cai az Incredible Hulk ut�n �jabb puszt�t�st visznek v�ghez, mely nem m�s, mint a m�r saj�t �tleteken alapul� Prototype. A j�t�kban Alex Mercer b�r�be b�junk, aki New York City k�zep�n �bred fel egy alapos fejf�j�s k�s�ret�ben, melynek k�sz�nhet�en nem igaz�n tudja kicsoda is � val�j�ban. Azonban hamar r� kell eszm�lnie, hogy messze nem egy r�szeg �jszaka ut�ni m�snaposs�gnak k�sz�nhet�en inthetett b�cs�t az eml�keinek. Alex ugyanis olyan k�pess�gekkel rendelkezik, melyek csup�n n�h�ny �rl�nyekkel teli sci-fi filmben voltak eddig l�that�ak. De hogy ne �rezze mag�t oly mag�nyosnak k�pess�geivel, a v�rost �ppen ellept�k a rond�bbn�l rond�bb fert�z�tt mut�ns l�nyek. R�ad�sul j� amerikai m�dra meg is �rkezik a felment� sereg, hogy blok�d al� v�ve a v�rost sz�pen kiirtsa a furcsa l�nyeket

Alex tov�bb� k�pes alakj�t v�ltoztatni. Karj�b�l peng�t faragva kaszabolhatja le t�mad�it, vagy pajzsot n�vesztve megf�kezheti a legdurv�bb l�ved�keket is. Tov�bbi gizda mutatv�ny, mikor Alex a f�ldbe sz�rva kez�t n�h�ny m�terrel od�bb gigantikus s�ndiszn�h�tat farag a j�rd�b�l, mindent elpuszt�tva, ami �ppen ott tal�lhat�. Azonban Alex nem csak ily m�don tudja form�lni a test�t, hanem k�pes elfogyasztani az emberi hull�kat �s �gy fel tudja venni azok alakj�t, s�t, teljes eml�kezet�ket. Ily m�don tudjuk megtanulni a helikopter vagy az aut� vezet�s�nek minden cs�nj�t-b�nj�t. A j�t�k sor�n a v�ros egy hatalmas h�bor�s �vezett� alakul, melynek ter�leteit vagy az amerikai hadsereg tartja uralma alatt, vagy a fert�z�tt mut�ns hord�k, de szerencs�sebb esetben m�g senki sem. Ebben a h�rmas h�bor�ban kell helyt�llnunk majd, �s sz�pen lassan �sszeszedni a kirak�s darabk�kat, hogy v�g�l megtudjuk kik is vagyunk val�j�ban. Mif�le katonai k�s�rletnek vagyunk a protot�pusai, �s mi�rt lept�k el New York-ot a rondas�gok. Rengeteg lehet�s�g rejlik a j�t�k t�rt�net�ben �s a felv�zolt j�t�kmenetben, �gy nagy rem�nyekkel v�rjuk a 2008-as �vet, amikor is �rkezni fog a Sierra sz�rmyai alatt a Prototype.