A Radical Entertainment srácai az Incredible Hulk után újabb pusztítást visznek véghez, mely nem más, mint a már saját ötleteken alapuló Prototype. A játékban Alex Mercer bőrébe bújunk, aki New York City közepén ébred fel egy alapos fejfájás kíséretében, melynek köszönhetően nem igazán tudja kicsoda is ő valójában. Azonban hamar rá kell eszmélnie, hogy messze nem egy részeg éjszaka utáni másnaposságnak köszönhetően inthetett búcsút az emlékeinek. Alex ugyanis olyan képességekkel rendelkezik, melyek csupán néhány űrlényekkel teli sci-fi filmben voltak eddig láthatóak. De hogy ne érezze magát oly magányosnak képességeivel, a várost éppen ellepték a rondábbnál rondább fertőzött mutáns lények. Ráadásul jó amerikai módra meg is érkezik a felmentő sereg, hogy blokád alá véve a várost szépen kiirtsa a furcsa lényeket

Alex továbbá képes alakját változtatni. Karjából pengét faragva kaszabolhatja le támadóit, vagy pajzsot növesztve megfékezheti a legdurvább lövedékeket is. További gizda mutatvány, mikor Alex a földbe szúrva kezét néhány méterrel odébb gigantikus sündisznóhátat farag a járdából, mindent elpusztítva, ami éppen ott található. Azonban Alex nem csak ily módon tudja formálni a testét, hanem képes elfogyasztani az emberi hullákat és így fel tudja venni azok alakját, sőt, teljes emlékezetüket. Ily módon tudjuk megtanulni a helikopter vagy az autó vezetésének minden csínját-bínját. A játék során a város egy hatalmas háborús övezetté alakul, melynek területeit vagy az amerikai hadsereg tartja uralma alatt, vagy a fertőzött mutáns hordák, de szerencsésebb esetben még senki sem. Ebben a hármas háborúban kell helytállnunk majd, és szépen lassan összeszedni a kirakós darabkákat, hogy végül megtudjuk kik is vagyunk valójában. Miféle katonai kísérletnek vagyunk a prototípusai, és miért lepték el New York-ot a rondaságok. Rengeteg lehetőség rejlik a játék történetében és a felvázolt játékmenetben, így nagy reményekkel várjuk a 2008-as évet, amikor is érkezni fog a Sierra szármyai alatt a Prototype.